三、太醫院醫生的待遇
明代醫生待遇很低。凡在太醫院取充醫役者，免除原籍民差。
弘治二年(1483)規定，御藥房供事者免兩丁，太醫院設者免一丁。太醫院醫士舊無月糧，永樂時始比照天文生例給月糧，
有家的月支米五斗，無家的三斗。成化十年(1474)，醫士月糧較有增加，有家小者，支米七斗，無者五斗。
醫生有家小者四斗，無者二斗。
醫官舊例支米二石，弘治間照醫士例，減為七斗。
四、地方醫學教育
明代對地方醫學教育比較重視，弘治十七年(1506)規定，府、州、縣均設醫學，主管地方各級醫藥行政和醫學教育，
府設正科1人為從九品，州與縣的醫官均未入流，萬曆中始改為從九品。地方醫學教育在全國普通設立。
新設州縣，除設立儒學和陰陽學外，均設有醫學。在一定程度上促進了地方醫學教育的發展。
五、民間醫學教育
明代民間醫學教育，主要採用家傳或師徒傳授的形式，明代的世醫制度造就了不少醫學世家，使醫學世代相傳；
不少世醫將自己的經驗編寫成簡易實用的醫學讀物，作為教材以教授子弟。17世紀，有多種這類醫書刊行，
起著傳播和普及醫學知識的作用，對提高醫生的素質是有幫助的。
明代醫學歸屬禮部，其組織機構和職官設置，大體沿襲宋元舊制而有所損益，各個時期醫事制度也有所變化。
一、中央的醫藥機構
(一)太醫院的設置
朱元璋自稱吳王之初(1364)，即仿元制設置全國性的醫藥行政管理機構——醫學提舉司。司中設有：提舉、同提舉、
副提舉、醫學教授、學正、官醫和提領。吳三年(1366年)，改醫學提舉為太醫監，設少監(正四品)、監遠(從五品)。
洪武元年(1368)，仍設太醫院，職官設置亦無大的變動。當時無御醫一職，洪武六年(1373)始設御醫。
(二)南北兩京太醫院
明代太醫院分為南京、北京兩處。
洪武元年(1368)，南京太醫院設有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年(1381)改設太醫令1人，太醫丞1人，吏目1人，
御醫4人。洪武二十二年(1389)，又改太醫令為院使，太醫丞為院判。永樂十九年遷都北京後，
南京太醫院僅設院判、吏目各1人，掌管醫事，下設醫士和醫生。同時於北京建太醫院，設院使1人，院判2人，
御醫4人(後增至18人)，吏目1人。隆慶五年(1571)設御醫10人；吏目10人，下設醫官、醫生、醫士若干人。
兩京太醫院均設有生藥庫，設大使、副大使各1人，掌管藥物。每年藥材由產地派人解納，按藥材的質量、炮製、
燥濕程度分類。由太醫院御醫和藥庫大使辨驗入庫，禮部派人監放並登記造冊，一式兩份，一留太醫院備案，
一送禮部查考。生藥庫年入庫量很大並逐年增加。
(三)太醫院的分科
明代太醫院分為13科，即大方脈、婦人、傷寒、小方脈、針灸、口齒、咽喉、眼、瘡瘍、接骨、盎鏃、祝由、按摩，
同元代13科相比，風科改為傷寒，金瘡分為金鏃和瘡瘍兩科，雜科改為按摩，取消了禁科，較前代更適合臨床需要。
太醫院要求御醫以下各專一科。隆慶五年(1571)太醫院有御醫、吏目共20人，統領13科，每科由一到數名御醫或吏目掌管，
下屬醫士和醫生，各科御醫或吏目人數為：大方脈5人，傷寒4人，小方脈2人，婦人2人，口齒、咽喉、瘡瘍、正骨、痘疹、
眼科、針灸各1人，下屬醫士醫生70餘名。
(四)太醫院的職能
1、醫療保健
太醫院御醫以上每天分兩班在內府御藥房值班，為皇帝及內宮嬪妃服務。遇皇帝出巡，太醫院醫官作為隨行，
沿途為皇帝、隨行官員和侍衛作保健服務。
各親王府、藩王府及接待外賓的會同館均設有醫官，他們遇有疑難病症，常向太醫院請求醫藥方面的幫助。
明代規定，各王府請醫，不能直接向太醫院提出，須上奏皇帝，經批准後由太醫院奉旨派遣醫官或醫士前往診治。
文武大臣及外國酋長有病，太醫院亦奉旨往視，將治療結果具本覆奏。發現疫情，太醫院有向軍隊、監獄、
邊關隘口等處派遣醫官治療的任務。
2、醫官的任免與派遣
全國各府、州、縣的醫學機構中的醫官，均由太醫院考核委派。《明史.職官三》載，全國各府、州、縣的惠民藥局，
邊關衛所等處所設醫官、醫士、醫生，俱由太醫院派遣，年終考查其功過，以為升遷任免之據。
據《古今醫統大全》卷三記載，明太醫院外遣醫官達150人。
二、宮廷醫事制度
明代宮廷除為皇帝服務的御藥房外，還設有專為皇太子、後宮嬪妃和王府服務的醫療機構。
(一)御藥局和御藥房
吳元年(1364)，朱元璋設尚藥局，尚藥御奉品階為正六品。洪武六年(1373)，內府設御藥局，始置御醫。
御藥局設尚藥御奉2人，直長2人，藥童10人，俱以內臣充之。御醫4人由太醫院醫官擔任。
御藥局主要任務是監製御用藥餌，兼管收儲各地進貢的名貴藥材。
1373年又設御藥房，由提監、太監理其事，近侍醫官無定員，分兩班掌管御用藥餌，官階與太醫院醫官相似。
嘉靖十五年(1536)，改御藥房為聖濟殿，又設御藥房，由御醫輪流值班。萬曆三年(1575)，
聖濟殿造御藥庫關防印一枚，由提督太監收管，以憑傳取，年終將傳取藥材及剩餘數額等項造冊，送禮部查考。
(二)東宮典藥局
洪武二年(1369)，東宮設典璽、典藥、典膳、典服、典兵、典乘六局。每局設局郎1人，局丞1人，內使10人。
典藥局郎、局遠及內使負責皇太子的醫療保健。
京師各親王府在承奉司下置司藥2人，以司親王府的醫藥工作。建文間(1399∼1403)。京師親王府增設典藥1人。
(三)後宮醫藥機構
洪武五年(1372)，後宮設六局，由尚食同負責醫藥，內設司藥2人，掌管醫方和藥物，並有典藥2人，掌藥2人，
均由女官充任。永樂間(1403∼1424)及其後，這些職務均轉由宦官擔任。
皇后及嬪記有病，多由太醫院醫官診視。後宮設安樂堂，專供後嬪養病；設有月子房，供宮內孕產用。
後宮設醫官3人，醫士36人，還配有穩婆、乳婆、醫整數十人。
(四)王府良醫所
明代備藩王府均設良醫所，主管王府醫療保健。洪武四年(1371)，良醫所設良醫正、良醫備1人，壽官數人，俱從文官，
由太醫院推薦，吏部任命。傑出醫藥家王履、李時珍等曾任過王府良醫。
三、地方的醫事制度
洪武十七年(1384)規定，府、州、縣均設專職醫官。府設醫學正科1人，州設典科1人，縣設訓科1人，
負責轄區的醫藥衛生。據《順天府志》等載，各縣還設有惠民藥局、養濟院和安樂堂。
(一)惠民藥局
明代沿襲宋元舊制，於洪武三年(1372)在南京、北京及各府、州、縣均設惠民藥局，兩京惠民藥局由太醫院統轄，
設大使、副使各1人，各府惠民藥局設提領，州、縣設醫官。
惠民藥局是為平民診病賣藥的官方機構，掌管貯備藥物、調製成藥等事務，軍民工匠貧病者均可在惠民藥局求醫問藥。
遇疫病流行，惠民藥局有時也免費提供藥物。
惠民藥局的設置及管理均很不完善，許多藥局有名無實或有醫無藥，或局舍破敗。
(二)社會福利組織
洪武七年(1374)，設養濟院，收養鰥寡孤獨貧病無依者，工匠、軍人及其他老弱病殘者，都是收養對象，
院中有醫官擔任治療。所需物資由所在府、州、縣按時供給，永樂間(1403∼1423)全國州、縣普遍建立養濟院。
水樂十五年(1417)，京師民工中疾病流行，為此設立了一座臨時性的民工醫院，稱安樂營。
明末廣東出現民辦育嬰所。據《廣東通志》裁：廣東馬應勛，字目明，建育嬰所，存活嬰孩無數。
洪武三年(1370)，令全國各州、縣設立義冢，掩埋遺骨。各州縣奉令擇寬閒地立義冢，凡貧窮無地可葬者，
均可葬於其處，並禁水葬和火葬。天順四年(1460)，京師於崇文、宣武、安定、東直、西直、阜城等門外，
各置涌澤園一所，以收埋遺骨。
四、民間醫學團體
隆慶二年(1568)，我國建立了最早的民間醫學學術團體「一體堂宅仁醫會」，
它是由徐春甫等在北京發起和創辦的，據徐春甫《醫學入門捷徑六書》中所載。
「一體堂宅仁醫會錄」一文，可窺見其組成、宗旨和會款等內容。宅仁醫會的成員多為集於京都來自全國各地的名醫；
會中多數人來自安徽，如徐春甫之師汪宦、新安名醫巴應奎等：還有來自江蘇、河北、湖北、四川、福建等地的名醫，
先後入會者達46人。醫會的宗旨在於探討醫藥學術，要求會員深入研究《內經》及四家學術之奧秘，提高醫療技術；
講求醫德修養，深戒循私謀利，會員間真誠相待。存善去過，團結互助，患難相濟。
醫會提出22項會款作為對會員的具體要求。具體款項為：誠意、明理、格致、審證、規鑒、恆德、力學、講學、辨脈、
處方、存心、體仁、忘利、自重、法天、醫學之大、戒貪鄙、恤貧、自得、知人、醫箴、避晦疾。
從治學內容、方法、態度到醫學家應具有的思想素質、道德品質、處世接物方法、對待患者的態度等，都作了具體規定。
明代採礦、冶煉、紡織、印染諸種工業的發展，使職業病成為突出問題。
人們在和職業病鬥爭的過程中，積累了經驗，提高了認識，推動了職業病的研究，提出一些相應的勞動衛生措施。
明代衛生知識進一步普及，人們的衛生觀念和體現在日常生活中的防疫措施，也有進一步發展。
用於保健的氣功、導引等養生方法，更受重視，出現了許多關於這方面的專著。
一、對職業病的認識及其防治措施
特殊的職業，特殊的工作環境和長期接觸某些有害的物質，就會造成職業病。明代商品經濟發展，工業日趨發達，
職業病問題日益突出，引起醫家的重視，使對職業病的研究也日起深入。
銀中毒。薛已在《內科摘要》中明確提出銀匠的職業病，指出銷銀匠因手工操作，經常接觸冶煉物質，會出現勞倦、
寒熱及手麻等症状，是職業所致。並提出預防及治療方法，用「補中益氣及溫和之藥煎湯漬手」。
鉛中毒。《本草綱目》記載了鉛礦工人的職業病，皮膚痿黃，腹脹不能食，多致疾而死」。
清代趙學敏根據《本草綱目》，提出食鵝肉以防治中毒。與現代治療慢性鉛中毒，應給予合理的營養的要求是一致的。
煤氣中毒。煤的廣泛使用，使防治煤氣中毒成為重要任務。《景岳全書》對此提出了科學的預防方法，
「但於頂開留一竅，或於窗紙揭開數楞，則其氣自透去，不能下滿，乃可無慮矣」。宋應星在《天工開物》里，
記載了在礦井中用竹筒排毒氣，以防煤氣中毒的方法。關於測驗毒氣以防中毒的方法，《農政全書》中載有，
「凡鑿井遇此(毒氣)，當有急颯颯侵入，急起避之，俟泄盡更下鑿之。欲侵知氣盡者，縋燈火下視之，火不滅是氣盡也」。
砒中毒。砒有劇毒，《天工開物》指出，燒煉砒必須嚴密封固(即固濟)，以防毒氣外泄。
「燒砒之人，經兩載即改徒，否則鬚髮盡落」。
熱射病。如何預防熱射病，是從事冶煉、高溫作業必須注意的問題。《天工開物》「礁煉」項下提出的預防措施是，
「靠爐砌磚牆一垛，高闊皆丈余」，用牆以抵炎熱。
申供辰在《外科啟玄》中，把日晒瘡、凍瘡、逡裂瘡、擔肩瘤、水漬瘡等歸之為與職業有密切關係的疾病。
從事行船、推車、打魚、印染、輾玉、肩挑負重、車鏇等職業者，極易患此類病。明代關於職業病的認識，
雖未形成完整的專科體系，但確實達到一個新的水平，在病因認識及防治措施方面，都積累了寶貴的經驗。
二、反映在民俗中的衛生觀念與預防措施
明代積澱於民俗中的衛生觀念與衛生行為多樣，有走百病、薰蟲兒、避毒、曝衣、掃疥、收瘟鬼等。
走百病是指今北京一帶，元宵節時婦女相率宵行，以消疾病。這對長年不出庭戶的婦女，是一項很好的身心鍛煉。
熏蟲兒指農曆二月二日，煎祭余餅熏床炕，農曆五月五日中午前，小閨女結群入天壇，名曰避毒，
除夕門窗貼紅紙葫蘆，名曰「收瘟鬼」；農曆六月六日，俗「曝所有衣物」，實際上起著殺菌消毒，
使衣著被褥舒身的作用。「立冬日，以各色香草及菊花、金銀花煎湯沐浴，謂之掃疥」，這些民俗，
大多有利於祛病健身，歸納起來，不外加強戶外活動，注意個人及環境衛生，利用藥物預防疾病，
實行有一定效果的消毒方法等方面。這些活動在本質上卻反映著人們對健康美好生活的理想和追求，起著促進衛生行為的作用。
三、航海衛生保健
1、醫藥人才的準備
鄭和曾率領船隊七次下「西洋」永樂皇帝曾下令四方召募民間良醫，甚至動用太醫院的醫官，
醫官醫士中以沿海省市民間醫生居多，因為他們比較熟悉水性和海上生活，如當時的常熟民間名醫陳以成、陳常作等。
2、注重航海衛生保健
明代船的建造上頗為講究，尤其是鄭和的船隊，比較合乎航海衛生之要求，據從泉州出土的鄭和「寶船」考證，
中、大型船有三層、四層甲板，分設住艙、食品艙、淡水艙和廚房等。艙室布局上很合乎現代衛生要求，即使是中、
小型船，多為船員(士兵)居住的艙室布局也很合理，如船員居住二層和三層，馬匹畜之底層。因為船隊多在熱帶、
亞熱帶海域航行，天氣炎熱而潮濕，因此，在造船設計上就十分重視自然採光和自然通風，
這比當時和之後的西方船舶的衛生條件要優越得多。
3、重視流行病調查和防治
鄭和船隊所到之地，多為東南亞各島國及大商港，氣候炎熱、潮濕，土民中染病者甚多。
船隊每到一地，十分重視當地山川地理，氣候環境，風土民情，飲食起居，衛生習慣，以及地方流行病等方面的調查，
採取不少有效的預防措施。如規定船舶抵達有理病流行的地區或港口時，責令船員不得隨便登陸，
在港外作短暫停留後即起錨開航，或將貨物裝卸後，船舶駛出港區，遠離港岸後拋錨。這是一種很有效的、
科學的隔離方法。直到十九世紀、二十世紀初、中葉，西方國家艦船為避免瘧疾、黃熱病等感染才採取這種隔離措施。
凡到有花柳病(性病)流行的島嶼和港口，嚴禁船員登岸或獨行，並不准在岸上過夜；不准淫婦登船戲耍，以免淫染。
四、養生思想的發展
醫學知識的普及，推動了養生思想的發展。明代從醫家到非習醫文人都很重視養生保健，
出現了不少關於養生方法的專著。張介賓撰《類經》，將養生列為十二類之首。王文祿撰《醫先》，
認為養生當在醫藥之先，論述了多種養生方法。胡文換編成《壽養叢書》、
收入前人養生著作以及自選自編的《素問心得》、《養生導引法》、《類修要訣)、《養生食忌》等34種。
文學家高濂於萬曆十九年(1591)撰成《道生八箋》20卷，是養生學集大成之作，影響很大。
此書由英國人德貞(J.Dudgeon)節譯成英文，收入其所輯《功夫：道家健身術》中，於1895年在天津出版，傳播國外。
除養生專著外，李時珍、張介賓、趙獻可、徐春甫、萬全、楊繼洲、李梃、龔廷賢、龔居中等醫家，
在他們的著作中都有專篇論及養生。由於醫學家著重實踐，他們的養生論著大抵通俗易儲，便於施行。
如李梃的《醫學入門》首卷即載有「保養論.附導引法」，提出「與其病後善服藥，莫若病前善自防」。
明代養生強調靜養心神，朱元璋第十七子寧獻王朱權著《仙神隱》，提出「療人之心」的命題。
《霞外雜俎》一書更進一步主張調攝心神的重要，指出攝生之要在於「每日只服一利快活無憂散」。
藥方內容為「除煩惱、斷妄想」，或遇事不如意，加服一劑「和氣湯」，配方為「忍、忘」二字。
導引養生術是我國傳統有效的健身術。明代此類著作也很流行。如《仙傳四十九方》所錄「五由由」，
是現存書籍中以圖文相配合的形式，對華佗導引法記述得最詳明的一種。另有《修真捷徑之導引術》，
結合穴位按摩「搓摩腸腹利」。明末成書的《易筋經》，介紹了按摩結合器具，以拍打為主的獨特的健身方法，
以及以強身壯力為主的「易筋經十二勢」導引術。明末清初陳玉廷創造、經楊露禪等發展的太極拳，成為後世經久不衰的健身方法。
把靜養、動養、食養、藥養結合起來，進行綜合調理，是這一時期養生著作中的重要主張。
《壽世保元》的「延年良箴」提出十一類延年的攝養事宜，包括「四時順攝，晨昏護持」、「悲哀喜樂，勿令過情」等，
萬全的《養生四要》，把寡慾、慎動、法時、卻疾視為養生的四大要義。龔居中的《五福萬壽丹書》和《紅爐點雪》
強調養生要堅持動靜結合，綜合調理。老人的安養和延齡，應從居處、調攝、保形、節慾、按摩、功藥六個面入手。
一、人痘接種術的發明
人痘接種術始於何時、何人，至今是一個謎。董玉山在《牛痘新書》(1884)中說：「考上世無種痘，諸經自唐開元間，
江南趙氏，始傳勢苗種痘之法」。這條資料有時代，有姓氏，有具體種痘方法，但缺少細節。本書成書較晚，
所引資料未見之他書，是一個存疑孤證。唐代發明人痘接種並非完全不可能之事，《備急千金要方》卷5下「癰疽瘰癧」
中就有用膿汁接種以防治一些療腫疣疵的方法；在敦煌藥方中，有「兔皮療碗豆瘡方」，兔皮與痘衣或許有點聯繫。
朱純嘏《痘疹定論》(1713)卷2「種痘法」提出，人痘接種始於北宋：「宋仁宗時丞相王旦，生子俱苦於痘，
後生子素，召集諸醫，探問方藥。
時有四川人清風，陳說：『峨眉山有神醫能種痘，百不失一，……』不逾月，神醫到京。見王素，摩其頂曰：
『此子可種』！即於次日種痘，至七日發熱，後十二日，正痘已結痂矣。由是王旦喜極而厚謝焉」。
此條資料敘述得詳細且真切，其中「仁宗」當為「真宗」，之誤。《御纂醫宗金鑒》(1742)也持這一說法。
略謂：「古有種痘一法，起自江右，達於京畿。究其所源，雲自真宗時峨眉山有神人出，
為丞相王旦之子種痘而愈，遂傳於世」。此說不能認為全無憑信。
俞茂鯤《痘科金鏡賦集解》(1727)則謂種痘術起源於明代：「聞種痘法起於明朗隆慶年間，寧國府太平縣，
姓氏失考，得之異人丹家之傳，由此蔓延天下。至今種花者，寧國人居多。」
明代發明(或重新發明)人痘術又見於張琰的《種痘新書》(1741)，書中自序云：
「余祖承聶久吾先生之教，種痘箕裘，已經數代。」由所敘可知張朗之父是位種人痘專家，由乃祖所傳，
其祖又得之聶久吾，種痘術已連續數代。聶久吾即聶尚恆，隆慶六年(1572)生。隆慶六年為隆慶最後一年，
聶久吾剛出生，發明種痘術無可能。聶久吾現存著作《活幼心法》亦末涉及種痘術，據張琰說法，是因秘傳而不願披露之故。
另據《張氏醫通》(1695)卷12嬰兒門下，亦附有「種痘說」。「邇年有種痘之說，始自遼右，達於燕齊，近則偏行南北。」
此亦可佐證明代已有種痘術之發明。
關於人疽接種的具體方法，張璐在《張氏醫通》之「種痘說」中有云：「原其種痘之苗，別無他藥，
惟是盜取痘兒標粒之漿，收入棉內，納入鼻孔。……如痘漿不得資，痘痂亦可發苗；痘痂無可竊，
則以新出痘兒所服之衣，與他兒服之，亦能出痘」。
這裡已提到痘漿法、痘痂法、痘衣法，清中期後變得更加成熟和完善。不管如何，人痘接種術的發明開創了人類預防天花的新紀元。
二、吳有性對傳染病理論的創造性發展
吳有性生活時期，由於封建統治的殘酷壓迫剝削。人民生活極度貧困，疫病連年猖獗流行。
吳有性目睹當時疫病流行、死亡枕籍的慘狀，世醫以傷寒法治之不效，深感守古法不合今病
（浙江省中醫研究所《溫疫論評註》，人民衛生出版社1977：2，164），
於1642年編著了我國醫學發展史上第一部論述急性傳染病的專著——《瘟疫論》，
給後世溫病學說的發展以很大的影響，對傳染病理論作出了不可磨滅的貢獻。
(一)吳有性對傳染病的病因學認識——雜氣論
吳氏根據長期的臨床觀察和實踐經驗，提出了新的病原觀點——雜氣論。其要點可歸納為：
1、雜氣是有別於六氣的一種物質。吳氏在《瘟疫論》自序中，開頭第一句就斷然否定了六淫致疫的可能性，
指出：「夫溫疫之為病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一種異氣所感」。
吳有性把這種不同於六氣的異氣稱作雜氣，雖然在當時歷史條件下，吳有性不可能通過顯微鏡觀察到這些病原微生物，
但他肯定雜氣是一種「無象可見」、「無聲無臭」的物質。這一創見，是對傳染病病原學發展的一個重大貢獻，
特別在十七世紀中葉細菌學尚未出現之前，吳氏竟有這樣獨到的見解，是難能可貴的。
2、雜氣致病的傳染性、流行性和散發性。《瘟疫論》云：「此氣之來，無論老少強弱，觸之者即病，」
說明雜氣致病具有傳染性，而且可以引起大流行。「延門合戶，眾人相同，皆時行之氣，即雜氣為病也」。
另一種情況是「其時村落中偶有一、二人所患者雖不與眾人等，然考其證，甚合某年某過眾人所患之病，
纖悉相同，治法無異。」這是對傳染病散發的逼真描述，並告誡切勿以發病人數較少，未形成大流行而誤診為非傳染病。
3、雜氣的種類不同，所引起的疾病也不同，侵犯的臟器部位也不一。例如「……為病種種，是知氣之不一也」，
「蓋當其時，適有某氣專入某臟腑經絡，專發為某病」，也正因雜氣的種類不同，對人類或禽獸是否致病的情況也不一樣。
4、痘疹與療瘡等外科化膿感染也是雜氣所引起，「療瘡、發背、癰疽、流注、流火、丹毒，與夫發斑、痘疹之類，
以為諸痛癢瘡皆屑心火……，實非火也，亦雜氣之所為耳」。吳氏把傳染病的病因和外科感染疾患的病因聯繫起來，
突破了歷代「屬心」、「屬火」之舊說，對防治外科感染性疾患具有重要的理論和實踐意義。
(二)吳有性對傳染病的分類和流行規律的認識
在傳染病的分類上，他提出了常疫和癘疫的概念。所謂癘疫，就是諸如「瓜瓤瘟、疙瘩瘟」者，來勢兇惡，
「緩者朝發夕死，急者頃刻而亡，而且他還聯繫疫病既有輕重之異，於是認為雜氣有優劣之分，雜氣之優者，
可不致病或致病力很弱，雜氣之劣者，不但可致病，且毒力很強。他把雜氣中致病力強、傳染性大的，
又叫做「疫氣」、「癘氣」或「戾氣」，說明雜氣的毒力應有強弱的不同。
吳有性在《瘟疫論》中對傳染病的流行規律，也作了相當精闢的論述：
1、「方隅有厚薄」指出某些傳染病的流行有區域性。
2、「四時有盛衰」指出傳染病的流行有季節性。一年之中，各種疫病，各有其盛衰的時間。
3、「歲運有多寡」指出了某些傳染病的流行有周期性、起伏性，各年的流行範圍和程度，並不完全相同。
(三)吳有性對傳染病的病機學認識
吳氏認為人體感受雜氣之後，是否致病則決定於雜氣的量、毒力與人體抵抗力：「其感之深者，中而即發，感之淺者，
邪不勝正，未能頓發」，「其年氣來之厲，不論強弱，正氣稍衰者，觸之即病」，
「本氣充滿，邪不易入，本氣適逢虧欠，呼吸之間，外邪因而乘之」。
吳氏還認為雜氣通過口鼻侵犯體內：《瘟疫論.原病》指出：「邪自口鼻而入」，「邪之所著，有天受，有傳染，
所感雖殊，其病則一」。所謂天受，是指通過自然界空氣傳播。傳染則是指通過患者接觸傳播。
這種來自臨床實踐的見解，與現代醫學的觀點也頗相吻合，
吳氏還認為入侵人體的雜氣，潛伏在膜原而發病，提出「邪伏膜原」之說，「邪伏膜原」是吳氏根據瘟疫初起的憎寒壯熱，
脈不浮不沉而數等症侯群，用以說明其病變部位的一種方法，並以此作為他創製達原飲、三消飲方劑治療疫病的理論依據。
此外，吳氏還提出瘟疫病的傳變以及臨床表現，因感邪有輕重，個體有差異，故有表裡先後之不同，歸納為「其傳有九」，
並認為出現發斑、戰汗、自汗等，是邪從外解，為病情好轉的表現；如果出現胸膈痞悶、腋脹、腹痛、熱結旁流、譫語、
唇焦，舌黑、苔刺等，是邪從內陷，為病變趨向惡化的徵兆。這對臨床掌握病情變化的輕重，判斷預後和選擇治療方法，
也有一定的參考價值。
(四)吳有性對傳染病治療的獨特見解
吳氏對傳染病的治療提出了「客邪貴乎早逐」的基本原則，主張「急證急攻」、「勿拘於下不厭遲」之說，
明確指出攻下法「本為逐邪而設，非專為結糞而設」，告誡醫者「注意逐邪，勿拘結糞」，
「凡下不以數計，有是證則投是藥。」這種有邪必逐、除寇務盡的觀點，是符合急性傳染病的治療原則的。
吳有性還強調病因治療，排除致病因子，並且提出了以物制氣，「一兩隻須一藥之到，而病自己」的設想，
在尋找治療傳染病的特效藥物邁開了新的一步，雖然限於歷史條件，他在研究特效藥物方面不可能取得根本性的突破，
但是他的創新精神是可貴的。
如上所述，雜氣學說的內容是相當全面的。吳有性關於溫病學的真知卓見和診治經驗，豐富了溫病學說的內容，
為後來溫病學說的發展和系統化奠定了基礎。