一、藥物學的迅速發展
明初，藥物學發展緩慢，到了後期，發展速度加快，出現了象《本草綱目》、《本草經疏》等影響深遠的著作。
據文獻記載，明代編寫的本草著作不下百種，在藥物學的研究深度和廣度上，都有巨大進步，是我國藥物學史上的重要時期。
(一)劃時代巨著《本草綱目》：
《本草綱目》是一部被公認為內容豐富、影響深遠的醫藥學巨著，
成為我國古代科學文化寶庫中的一顆明珠，它的貢獻是多方面的。
1、對明以前藥物學的全面總結：
《本草綱目》是李時珍在極端艱苦的條件下，深入實踐、認真總結所取得的偉大成果。
他以宋代唐慎微的《經史證類備急本草》為藍本，先後讀過《素問》、《靈樞》、《難經》、《甲乙經》等古代醫書277家；
《神農本草經》、《16類本草》等本草著作84家；引據《說文解字》、《字說》、《名苑》等今古經史諸子440家；
轉引《易經註疏》等151家。李時珍在廣泛閱讀文獻資料的基礎上，深入實地，親自採集標本，進行研究考察。
他不畏艱苦，跋山涉水，南至武當，東至攝山、茅山、牛首山等地，親臨現場考察，
足跡遍及湖廣、河北、河南、江西、江蘇、安徽，虛心向藥農、野老、樵夫、獵人、漁民求教。歷27年，
「稿凡三易」，於萬曆六年(1578)完成全稿，又經十餘年修訂潤色，於萬曆二十一年(1593)，始由金陵胡承龍雕版印行。
2、提出先進的藥物分類法：
《本草綱目》對以往本草著作的分類方法進行了變革，採用多級分類法，以水、火、土、金、石、草、谷、菜、果、
木、器服、蟲、鱗、介、禽、獸、人16部為綱。綱下設62類為目。每味藥又「標明為綱，列事為目」。
同一基原藥物，「但標其綱，而附列其目」。如標龍為綱，而齒、角、骨、腦、胎、涎，皆列為目。
這種提綱挈領，眉目清晰的方法，便於應用時的檢對。各部排列則採取「從微至巨」、「從賤至貴」的原則，
與由無機到有機、從低級到高級發展的順序吻合，體現了進化發展的思想，是當時世界上最先進的分類方法，
其意義已超出了藥物學。
3、系統論述藥物知識
《本草綱目》卷5∼52，對各藥按釋名、集解、辨疑、正誤、修治、氣味、主治、發明、附方等項分別解說。
對藥物名稱由來、產地、品種、形態、炮製、性味、功效、主治等都作了詳細說明。所列「發明」一項，
在於探討藥性及用藥要點，多為李時珍對藥物應用研究中的新見解，如通過以黃芩治癒自己骨蒸咳嗽的體會，
指出黃芩湯能瀉肺經氣分之火，他將三七的功效概括為「止血、散血、止痛」，肯定延胡索止痛、
大風於治麻風的功效，都是很有見地的。
4、糾正以往本草著作中的錯誤：
李時珍通過研究，糾正了以往本草著作中的一些錯誤。不僅糾正對個別藥物認識上的具體錯誤，還批判了某些錯誤觀點、
方法。分析造成錯誤的原因，如指出葳蕤與女萎本為二物而誤合為一；南星與虎掌本為一物而誤分為二。
歷代本草在水銀項下載有不少迷信內容，「大明言其無毒，本經言其久服神仙，甄權言其還丹無母，
抱朴子以為長生之藥。六朝以下貪生著眼食，致成廢篤而喪厥軀，不知若干人矣！」
李時珍批判了這些記載，痛心地指出，「方士固不足道，本草豈可妄言哉！」李時珍靠實踐，靠調查研究，糾正了前人不少錯誤。
5、對藥物理論的充實提高：
《本草綱目》對藥性理論十分重視。該書前兩卷以大量篇幅介紹了歷代藥物學說，其中以金元諸家之言居多，
間或發揮個人見解。經過他的整理，使分散於各書中的藥性理論系統化和完整化。如將升降浮沉理論概括為：
「酸咸無升，甘辛無降，寒無浮，熱無沉，其性然也」。質輕者如花、枝、葉等多升；質重者如根、果、礦物、
介殼等多降。但也有「一物之中有根升稍降者」。他還認為，可以通過炮製配伍，以改變藥物的升降趨勢，
「升者，引之以咸寒，則沉而直達下焦，沉者，引之以酒，則浮而上至顛頂」，
李時珍對藥性理論的豐富和發展是多方面的。「反藥」古人只言18種，李時珍擴展為31種。在性味、歸經、
七情合和、「十劑」等方面，李時珍也有不少創見。在各論「發明」項下，有不少發展藥性理論的內容。
《本草綱目》的貢獻不同限於藥物學，它對醫學、植物學、動物學、天文學、物候學、氣象學、
物理學等方面都有成就，在保存15世紀前的文獻資料方面，也有貢獻。
(二)《神農本草經》的研究
盧復所輯《神農本經》，是現存《神農本草經》的最早輯本，盧復輯本所據藍本眾說不一，
一般認為內容輯自《證類本草》、編排次序依據當時流行的藥物學目錄，與《本草綱目》不謀而合。
盧復輯此書歷時十餘年始成。
繆希雍的《神農本草經疏》，是明代影響僅次於《本草綱目》的一部藥物學著作，簡稱《本草經疏》。
作者醫藥著作甚多，《本草經疏》是他研究藥物學三十餘年的總結，晚年成書，刻印未完即遭流散，
幸有人集流傳散稿編成《讀神農本草經疏》12卷。作者遂命頤澄先檢存稿，「按部選類，匯成全帙，細復撿閱，以為定本」。
於天啟五年(1625)刊行。《本草經疏》共30卷，卷1∼2為序例，收藥性理論文章和「諸病應忌藥」7門。
卷3以後編排次序悉從《證類本草》。卷30收補遺藥物27種。全書載藥490種，除卷30所載藥物外，
皆從《證類本草》選出，以《神農本草經》藥物為主。文字不全來自《神農本草經》，有不少取自《名醫別錄》，
並參以諸家主治。繆希雍個人增加的內容有三項：「疏」，闡發藥性主治；「主治參互」，列述配伍及所治病證，
引錄諸家驗方；「簡誤」，備註藥物品種、適應證之易混淆者，該書重點在於闡發藥學理論，
多本《內經)、《本經》理論引出新見，繆希雍把從宋代起盛行的運氣學說斥為「雜學混淆」，以之治病「譬之指演算法」，
對宋金元以來藥性理論日益脫離臨床實踐的趨向展開的批判。在藥物註疏上，繆希雍重視闡發《本經》、
《別錄》所載的功能主治，強調臨床實用，多從藥物的生成、性味、陰陽五行、歸經、療效等角度，
結合臟腑學說進行推演，絕少空泛之論，並能結合實際提出新見，以切合臨床實用而見長。
盧之頤的《本草乘雅半偈》也是有影響的本草著作，盧之頤系盧復之子，得家傳而精於醫。其父原有《本草綱目博議》，
經他增補整理而成《本草乘雅》。因兵亂，原稿散佚，憑記憶重修，已非全璧，故名《本草乘雅半偈》。
作者崇信佛教，以佛理、儒理闡釋藥理。全書議藥365種，222種取自《神農本草經》。
每藥引錄古說，以「核」、「參」、「先人云」三項闡發個人見解，「核」下述別名、釋名、產地、形態、採收、貯存、
炮製、畏惡等內容；「參」為作者對該藥功能、形態等有關內容的理論推演；「先人云」是引盧復的論述。
該書選藥嚴謹，辨析藥物功能主治頗詳。由於受佛教影響，理論闡述亦常涉玄虛，是有不當。
(三)官修本草著作
《本草品彙精要》是明孝宗敕命太醫院院判劉文泰等纂修的本草。元代《至元增修本草》不傳，
最後一部官修本草《紹興本草》至明已歷300餘年，重修本草已非常必要。弘治十六年(1505)，
由太醫院劉文泰等纂修。弘治十八年(1507)該書纂完進呈，適值孝宗病殞，劉文泰獲罪，
加之該書彩圖印刷技術難以解決，這部藥典性本草被束之高閣，藏於內府，無人問津。
對《本草品彙精要》毀譽參半，評價不一。全書新增藥物48種，有10種只列藥名，而無內容；
異名同物或相互重複有10餘種，有16種出自《飲膳正要》。
本書在藥物分類上基本沿襲《證類本草》的編排形式，依據宋代《皇極經世》關於物象的自然分類模式。
將礦物類藥物按其生境來源分成本、火、土、水、金等類；將植物藥按生長方式或屬性分為草、木、飛、走等類；
將動物藥按繁殖方式、生長方式和外部特徵分為羽、毛、鱗、甲、裸等類。每類下又有分類。
其方法已具有現代某種生態學意義。在藥物論述上，打破了以《神農本草經》為中心層層加註的傳統格局，
分割《證類本草》原文，逐條歸入所列的24個項目中。
24項的具體名稱是：名、苗、地、時、收、用、質、色、味、性、氣、臭、主、行、助、反、制、治、合治、禁、代、
忌、解、膺。這種把藥物的鑒定、炮製、配伍、藥理等方面分條歸納，把有關內容集中在一起，避免了重複引文，
且便於查閱也是一種進步，每味藥不強求24項面面俱到，而是有則舉，無則缺。該書又是我國古代最大一部彩色本草圖譜，
共收圖1358幅，其中366幅為新增。所有藥圖皆出自畫工，工筆重彩。
圖多臨摹《證類本草》，寫生者少，雖是本草彩繪圖譜珍品，科學價值上卻不及《證類本草》和《履岩本草》。
書中有「謹按」一項，共146條，內容主要為「藥有近代用效而眾論僉同，舊本欠發揮者」。
許多是經作者調查研究或經臨證實踐得到的「但不可多食，由其動氣而發病故也」。
它吸取了《證類本草》以後張元素、李東垣、王好古等人研究藥物所取得的成就，
特別是有關藥物的歸經和升降浮沉的理論，並以之確定了一些藥物的氣味、陰陽、歸經和升降浮沉的性質。
它依據「氣奧」說，具體解釋藥物功效，作為鑒別藥物的一項根據。
(四)明代的小型綜合性本草著作
明代出現了許多有特色的小型綜合性本草著作，繼承了南宋以來注重節要與實用和金元以來注重藥性理論的學風，
具有易於普及，切合實用和提高臨床醫生理論水平的作用。
明代中期王綸的《本草集要》，是一部很有影響的著作。該書共8卷，分作三部。上部為總論，將《證類本草》
序例內容與金元家藥性理論揉為一體進行綜述，間附個人見解，中、下部為各論。
中部「取本草及東垣、丹溪諸書，參互考訂，刪其繁蕪，節其要略」，
分類上用傳統的「草、木、菜、果、谷、石、獸、禽、蟲魚、人」的方法，作者把草、木、金、石諸「無知」之物排在前、
將獸、禽、蟲魚「有知」之類列於後，終以「萬物之靈」的人。向「從徽到巨，從賤至貴」
(李時珍語)的分類邁進了一大步。下部「取藥性所治，分為十二門」，
即氣、血、寒、熱、痰、濕、風、燥、瘡、毒、婦科、小兒。門下又分細目，如治氣門分為補氣清氣溫涼藥、
行氣散氣降氣藥、溫氣快氣辛熱藥和破氣消積氣藥四類，每藥採用提要式按語，簡潔明快。
由於這種新的分類法簡便實用，因此該書一問世就受到臨證醫生的歡迎。
陳嘉謨的《本草蒙荃》是明代前、中期最有特色的著作。作者歷七年始成全書12卷，分類防《本草集要》，
卷前總論亦取《證類本草》及金元諸家藥性理論之說。各論分述742種藥物，對其中448種重點介紹，分述其藥性、
有毒無毒、產地、飽灸、藏留、功效等。另外388種只作簡單介紹。至今常用的雞內金、青木香等均首出於該書，
陳嘉謨重視藥物與產地的關係，認為藥物「各有相宜地產，氣味功力自異尋常」。他根據產地區分藥物，
如將白朮分為浙術、歙術；芎分為京芎、杭芎、台芎等，改變了金元時期的不重藥物產地的狀況。
為鑒別藥物真偽，於總論中專設「貿易辨假真」一節，例舉藥品作偽的例證，強調辨別真偽的重要性。
藥物貯藏是保證藥物質量的重要環節，作者對此十分重視，強調「凡藥藏貯，宜常提防」。如陰乾、暴干、
烘乾的藥材易反潮霉垢，陰雨季節要常烘烤，晴天要晾曬。他介紹了一些特殊的藥材貯藏法，
「人蔘需和細辛，冰片必同燈草，麝香宜蛇皮裹，硼砂共綠豆收，生薑擇考砂藏，山藥候於灰窖。」
此外，《本草蒙荃》在保存歷代炮炙資料的基礎上，於炮炙多有發明。如論述輔料的作用，「酒制升提；姜制發散；
入鹽走腎臟，仍使軟堅；用醋注肝經，且資注痛；童便制，除劣性降下；米泔制，去燥性和中；
乳制，滋潤回枯，助生陰血；蜜制，甘緩難化，增益元陽」。把藥物配伍理論引伸為「以藥製藥」的炮製方法，對後世很有啟發。
李中立的《本草原始》，突出生藥形態。全書有藥圖420幅，其中360餘幅是他據實物親臨寫生所繪，全書12卷，
資料主要取自《證類本草》、《本草蒙荃》和《本草綱目》。藥品分類採用《本草集要》的十部分類法。
論藥體例沿用《本草綱目》而加以簡化，重在藥圖與圖注，突出藥材的形態待征。
《本草原始》之前本草著作所附圖，絕大多數為基原圖，《本草原始》則以藥材圖為主，突出描繪藥用部分，適用於藥業。
黃精、地黃、白芨、人蔘等藥用根，只畫根形，使君子、補骨脂、蒺藜子等用果實，只繪果形，對樹脂類，
如龍腦香、阿魏等，則繪出基原植物以示來源。李中立深入藥材集市寫生並據實地考察寫出圖注，在區分藥物混淆，
辨別真的，揭露摻假等方面作出許多有價值的辨別方法。對以前著作有詳細記載者略作說明，
對以前著作論述不詳者則詳為考辨。沙參與桔梗，常使藥商彼此代充，
李中立指出，「沙參形如桔梗，無桔梗肉實，亦無桔梗金井玉欄之狀」，他不僅繪出正品，還常繪出偽品以作對照，
首創出真的藥材同給的方法，為減少藥名混亂。李中立對當時一些藥材的俗名、習用名等，
用《證類本草》、《本草綱目》的正名註明，如績砂密即砂仁，鱧腸即早蓮草等。
同時以別名、商品名注正名，如高良姜俗呼良姜、茜草根俗呼茜根等。《本草原始》對前代著作有載，但無形態描述者，
多詳加論述，以補前人之不足，對古人記載有誤者，通過直接敘述糾正之。李中立對藥物的質量、規格、產地等
也有深入研究，提出一些新見解，對通過藥物形態鑒別藥物產地也提供了不少例證，《本草原始》可謂另闢路徑，
總結辨識藥材的經驗，是在中藥鑒定、炮製等方面做出貢獻的一部藥材學著作。
倪朱謨的《本草匯言》，20卷載藥581種，附圖530餘幅，全書注重臨床用藥經驗，是其顯著特點。
倪氏生當明末，周遊各地，遍訪通曉醫藥人土，卷首記載就有148位。該書資料來源廣泛，內容新穎，
保存了大量民間的用藥經驗，倪氏既重「登堂請益」，也重實地考察，他到晉、蜀山谷查看龍骨產區，
到溫州、處州觀察山農種植茯苓。書中反映的明末藥學理論和方劑，豐富了本草學的內容。
李中梓的《本草通玄》，是作者長期臨床實踐用藥的經驗總結，對世俗用藥流弊及前人記載錯誤多有糾正。
王綸謂「參能助火，虛勞禁服」。李中梓給予駁斥，詳細分析介紹人蔘的正確使用方法。
書中各藥下常列炮製法，且多變動古法，以自己臨床經驗研究加以修正。「古人制黃芪多用蜜炙，愚易以酒炙，
既助其達表，又行其泥滯也，若補痛及崩帶淋濁藥中，須鹽水炒之」。此外，徐彥純《本草發揮》膝弘
《神農本草經匯通》薛已《本草約言》、皇甫嵩《醋是發明》、方谷《本草纂要至寶》、方有執《本草抄》、
楊祟魁《本草真詮》、顧逢伯《分部本草妙用》、肖京《藥性微蘊》等也均是明代頗有特色的小型綜合型本草著作。
(五)專題本草著作
明代各種專題本草著作十分豐富，從不同側面揭示了藥物學的發展狀況。
1、地方本草類
《滇南本草》是我國現存內容最豐富的古代地方性本草著作，作者蘭茂長期生活於雲南，為各族民眾治病。
他發現當地有許多有藥用價值的植物尚未被利用，於是邊醫療實踐，邊考查藥物，廣泛搜集民間醫藥經驗，
經多年積累形成《滇南本草》一書。全書載藥446種，各藥下依次記載性味、功效、主治、附方，
個別藥物還論及其生態與形態。書中記載了大量少數民族的醫藥經驗。本書地方色彩濃郁，資料豐富，
是研究雲南地方藥物和該地民族醫學經驗的珍貴資料。
2、食療本草類
以食品培補身體，抗禦外邪侵襲是中醫學的一項重要內容。明代食療類本草著作很多，以《食物本草》
為題的就有盧和、汪穎、薛已、吳文炳諸人之作。穆世錫的《食物輯要》、趙南星的《上醫本草》、
施水圖的《山公醫旨食物類》等均屬此類作品。
另一類是救荒本草書，內容為替荒年尋求代食品，以朱棣的《救荒本草》最有名，收植物414種，依次為分布地點、
生態特徵、形狀、食用製備方法等項分別論述，附有精美插圖，有些還列有主治等內容。該書東傳日本，影響較大。
鮑山的《野菜博錄》在調查可食用的山野植物的基礎上，對其中一些植物還進行栽培觀察，
是在實踐基礎上參考文獻而成書的。王磐的《野菜譜》、周履靖的《菇草編》也屬此類著作。
3、藥物炮製類
繆舌雍的《炮留灸法》是明比最有影響的炮製專書。書中闡釋了439種藥物的炮製方法，包括操作程序、
貯藏保管等內容，對個別藥還述及炮製前後的藥性變化和不同的療效，它以《雷公炮灸論》為基礎。
增入後世發展和個人經驗，使之更切實用，書末「用藥凡例」中亦有不少獨到見解，
加對煎藥方法細緻深入的探討，就得有實用價值。
王文潔的《太乙仙制本草藥性大全》、吳武的《雷公炮製便覽》、俞汝溪的《新刊雷公炮製便覽》等均屬藥物炮製專著。
二、方劑學的成就
隨著藥物學的進展，明代方劑學也有巨大進展。一方面，大量方劑書，尤其是巨型方劑著作的出版，
另一方面，對理、法、方、藥的研究也更為重視。
(一)醫方巨著《普濟方》
《普濟方》是我國現存最大的一部方書，也是明代最大的方書。它搜羅極廣，篇幅很大，
幾乎收錄了十五世紀以前所有保存下來的方書內容，併兼及傳聞、小說、道藏、佛書內的相關內容，
還收入大量的時方，可謂集十五世紀以前方書之大成。《普濟方》是由朱元璋第五子周定王朱棣組織編輯，
由教授騰碩、長史劉醇等參與編輯考訂而成，刊於永樂四年(1406)，原作108卷，《四庫全書》改為426卷。
共分為2175類，718法，收入61739方，239幅圖，總論包括方脈總論、藥性總論、五運六氣、臟腑總論等。
各論包括臟腑各論，按人身頭面、體表、五官、口齒和內部器官。分述病候；傷寒雜病，包括急、慢性傳染病與內科疾病，
以後為外科，骨傷科，婦產科，兒科，針灸等。每種疾病有論有方，治療方法多樣，包括湯藥、罨敷、針灸、按摩等。
它的主要貢獻是保存了古代大量醫學文獻，價值已超出方劑學範圍。李時珍編修《本草綱目》時，
雖說瀏覽參考文獻800多種，實際上當時已有不少文獻失傳或成為罕見的孤本，李時珍並未能一一親閱，
其中不少是通過《普濟方》間接讀到的。
(二)推求古義的《醫方考》
吳昆的《醫方考》，撰於萬曆年間。作者15歲學醫，行醫後深感業醫者知識貧乏，必須對醫者的素質進行提高。
他從歷代方書中選出常用方劑700餘首，編成本書，共6卷。按病症分為中風、傷寒、感冒、暑濕等72門，
每門下列一證，先論病因，次列諸家治療方法，再彙集名方。《醫方考》雖彙集群方，卻不追求方劑數量，
而是嚴守質量，「揆之於經，酌以心見，訂之於證，發其微義」，重在闡發分析。
如中風門，首述中風名義、病因及各家認識，「風者，百病之長，得行天之象，故其發也暴。然上世論風，主於外感，
乃河間主火，東垣主氣，丹溪主濕，而末世之論紛紛然。今考名方23首，為風、為火、為氣、為濕，皆時出而主之，
初不泥於一說也」。論下先列烏梅撩牙關方、稀涎散、通頂散、蘇合香丸、許胤宗黃芪防風湯熏蒸法等治標之方；
次列治半身不遂、語言蹇澀、口眼歪斜等後遺症之方，有主風的牽正散、省風湯、小續命湯、防風通聖散；
史國公藥酒方，主火的瀉青丸。主氣的四君子東加竹瀝薑汁方、八味順氣丸，主痰濕的二陳湯、星香湯等。
每方下列適應症及詳細的方義分析——條理清晰，因證致用，說理是很透徹的。本書出版後影響廣泛，
清代汪昂的《醫方集解》、吳儀洛的《成方切用》等都宗《醫方考》所開之學風，
《醫方考》出版後，連續刊刻近十次，在醫學界起了積極作用。
(三)張景岳對方劑學的貢獻
《景岳全書》中的「八略」和「八陣」實為講述方劑學的內容。他把治病立法比作戰略戰術。
故稱治則治法為「八略」；把立方選藥比作布兵排陣，將方藥主治的論述稱「八陣」。
八陣又分為古方八陣與新法八陣。他根據個人豐富的臨床經驗發議論，有不少創見。
八略亦稱新法八略，即補、和、攻、散、寒、熱、固、因諸略。根據八略而列八陣，古方八陣選歷代名方1516首，
另有婦產、小兒、痘疹、外科等古方922首。新方八陣系張氏自創方利，共186首。
新方八陣諸方多切臨床實用，有不少至今仍為常用名方，如左、右歸丸，左、右歸飲，金水六君煎，玉女煎，理陰煎等。
補略和新方八陣的補陣最能反映作者的學術思想，張景岳是溫補派的代表人物，特別重視人體本元，
謂為「人之大寶」，他從陰陽互根角度體察真陰真陽，認為「陰不可無陽，非氣無以生形也，陽不可無陰，非形無以載氣也」。
以氣血、形體性用的相互依存和消長關係來闡述生死之機，強調溫補元陽，滋養真陰，使陰陽歸於平衡，實現水火既濟。
強調古人之方，是示人以法，並非限人以藥。對待成方，又要圓活。
張氏對方劑的認識儘管也有不足，但仍是明代方劑學中一枝奇葩，後世雖有非議，也多偏執管見，其成就卻是不可抹殺的。
(四)追源溯沉的《祖劑》
施沛輯明代以前著名方劑800餘首，成《祖劑》一書，共4卷，收主方70首。
該書以《素問》、《靈樞》及伊尹湯液之方為宗，以張仲景《傷寒論》、《金匱要略》之方為祖。
選《和劑局方》及宋、元、明諸家流傳方以歸類敘述。追本溯流，把相類方劑歸於一起論述如以《素問》
之澤術麇銜湯為主方，其下述張仲景的澤瀉湯、豬苓散、茯苓戎鹽湯、五苓散、茵陳五苓散、豬苓湯、茯苓澤瀉湯，
後世的四苓散、加味五苓散、山梔五穀散、胃苓湯等，將17首方劑集中介紹，有些地方作者還加了按語「和得者也」，
主方除選自《內經》、《傷寒》、《金匱》外，還有的選自伊尹《湯液經》、《和劑局方》、《肘後方》、
《廣濟方》、《千金》、《得效方》、《集驗方》、《濟生方》及李東垣、張潔古、朱丹溪等人的醫方，對學習古代方劑學有一定參考價值。
一、醫學典籍的整理研究
明代重視醫學典籍的整理研究，把它視作提高醫生素養，加強醫學理論建設的基礎工作。
(一)《內經》的經理研究：
明代治《內經》的醫家頗多，撰有約20種著作，突出者有如下諸種：
1、《靈》、《素》合注與發微：馬蒔對《素問》、《靈樞》全部作注，是合注最早的人，
《黃帝內經素問注證發微》9卷，以期有補於對《素問》的理解。王冰分《素問》為24卷，馬氏非之，改分為9卷，
馬氏注於每篇首有提綱挈領之總論，再逐章逐節逐句注之，頗有發明，亦有望文生義處。
2、《靈樞》最早的全注本：馬蒔的《黃帝內經靈樞注證發微》是現存對《靈樞》最早的全注本。
馬蒔，以為《靈樞》和《素問》都為9卷，原文悉依宋代史崧本，認為《靈樞》較《素問》更重要，
不能視《靈樞》僅為用針之書，指出書中用針方法，都可引伸為用藥之法，不可「泥為用針」之書，
這些說法很有道理。此書體例同《素問》注，後世學者認為此書之注在內容上優於《素問》，且屬首創，其功頗宏。
3、張景岳的《類經》：張景岳把《內經)重新分類，再予合編，成《類經》一書。全書以《內經》原文為綱，
吸取各家醫論，附以個人心得，並對難懂詞句加以通俗解釋，有些議論十分精彩，全書分為攝生、陰陽、藏象、
脈色、經絡、標本、氣味、論治、疾病、針刺、運氣、會通共12類，390條。
4、小型闡釋《內經》之悴為使人掌握《內經》的基本精神，明代出現了由博返約，提綱挈領，講解《內經》
主要現點的著作。由滑壽原注、汪機續注的《讀素問鈔》，是《素問》的節錄注本，刊於1519年，該書分藏象、
經度、脈候、病能、攝生、論治、色診、針刺、陰陽、標本、運氣和匯萃12類。
汪氏在原注基礎上作了重要補充，是學習《內經》的入門書。
李中梓的《內經知要》，執簡馭繁，將《內經》按內容分成道生、陰陽、色診、脈設、藏象、經絡、治則和病能8類。
本書除輯錄原文外，結合基礎和臨床加以闡析，內容簡要，條理清晰，選錄切要，講解明白，是便於初學員優秀的選本之一。
1764年經薛雪重校加按，更為流行。
(二)《難經》的研究：
《難經》於明代注家頗多，如王九思等的《難經集注》，馬蒔的《難經正義》，徐述的《難經補註》、姚浚的《難經考誤》，
張景皋的《難經直解》，張世賢的《圖注難經》等，王九思的《難經集注》，5卷，系在石右諒、王鼎象、王惟一協助下，
於1505年成書，本書屬於集注，集吳時呂廣、唐代楊玄操、宋代丁德用、虞庶、楊康候諸家之注，於每難下臚列諸家之說，
歷附說明主要是校正和音釋。該書在保存明代以前的資料上，是有貢獻的。
(三)《傷寒論》的研究：
明代從事《傷寒論》研究的醫家較多，有著作傳世的也在20家以上。開始強調《傷寒論》編次真偽問題，
是這一時期的突出特點。方有執始強調編次謬誤，提出錯簡簡訂之說。以後，張遂辰主張維護原有編次，
成為針鋒相對的觀點。到了清代，他們各有一批追隨者，故一般認為傷寒學流派之爭始於明代。
明代研究《傷寒論》諸家，涉及內容廣泛。董的《傷寒秘要》重在約論經義；盧之頤的《仲景傷寒論疏鈔金》
偏於訂正注家之誤。有些醫家則把重點放在臨床治療上，王肯堂的《傷寒準繩》、張吾仁的《撰集傷寒世驗精法》，
從分析病證入手；陳長卿《傷寒五法》從論述治法入手；張介賓的《景岳全書.傷寒典》對諸家方劑進行歸類分析，
都有臨床參考價值。明代有人提出傷寒與溫病的區別，如王履的《醫經溯洄集》，強調「感天氣惡毒異氣」的溫病，
受到後世的重視。萬全的《傷寒摘錦》、戈維城的《傷寒補天石》都論述了時行疫病的證治。李中梓的《傷寒括要》、
陶華《傷寒六書》中的《傷寒一提金》，則屬於普及啟蒙的通俗之作。
1、錯簡重訂說的提出：
方有執的《傷寒論條辨》，是明代研究《傷寒論》最有影響的著作。他認為張仲景與王叔和僅兩朝相隔，
王叔和所撰縱不全是，也不會全非，按王叔和所列篇目看，王氏尤重太陽病，是明於辨證的。世傳《傷寒論》，
不合辨證處甚多，太陽三篇尤為混亂。這種編次肯定非叔和方位，乃後世誤人之作。為此，方氏盡二十餘年努力，
置加考訂，以還叔和之故，通仲景之源。
方氏指「傷寒例」一篇為贅附，宜刪，「平脈」、「辨脈」為叔和贊經之辭，當移諸書尾；「平脈」篇題不符實，
去其篇名，併入各篇。《傷寒論條辨》對六經均有改訂，以太陽篇變動最大。將太陽病衛中風而病者列為上篇，
收桂技湯證及其變證為卷一；榮傷於寒而病者為中篇，收麻黃湯證及其變證為卷二；榮衛俱中傷於風寒而病者為下篇，
收大青龍湯證及其變證為卷三。其餘備篇分為5卷，凡8卷。這種分法由清代喻昌發展成為「三綱鼎立」說。
方有執研究《傷寒論》，是有成績的，但《傷寒論》是否因此恢復原貌，又當別論。方氏錯簡重訂主觀上是以
「心仲景之心，志仲景之志以求之」。但並未找到錯簡的有力依據。對錯簡重訂說，後世褒貶不一，
爭論激烈，並由此形成一個傷寒學術流派。
2、維護舊論說的首端：
明末張遂辰在其《張卿子傷寒論》中明確提出，維護原有編次，他認為，「仲景之書精入無比，非善讀者免滯於語下」。
張氏尊重歷代《傷寒論》研究醫家，謂「諸家論述，各有發明」，書中未貶斥任何一家，認為王叔和的編次只在卷數上與仲景原書不同，
成無己的注釋尤稱詳洽。張氏依成氏《註解傷寒論》之編次，自「辨脈」、「平脈」始，至「汗吐下可與不可」
先後次序分末動，只在分卷上厘為7卷。文後注釋亦以成無已說為主，兼采郭雍、張潔古、龐安常、李東垣、朱丹溪
等人之說；張氏雖未明確反對方有執的錯簡重訂說，事實上卻形成相互對立的兩種觀點。他的學生張志聰、
張錫駒承襲師說，進行發揮，形成傷寒學中的維護舊論派。
二、基礎理論和臨床研究與發展
明代醫學在診斷學、病案書寫格式、醫學書籍編著和傳播、醫德論述和醫史研究上，均有較大發展。
(一)診斷學的研究與發展
明代醫家在診斷上大都強調四診兼備，脈證合參，強調全面掌握材料，抓住綱領，辨證施治。
八綱辨證綱領即在明時發育成熟，脫穎而出。在遣方用藥上，強調勿膠執，方應適證，藥宜應病，不能膠執古方以治今病。
在舌診、問診、脈診上均有系統論述。
1、舌診：
明代舌診受到廣泛重視。16世紀下半葉，申斗垣著《傷寒觀舌心法》，是繼元代敖氏《金鏡錄》後又一集大成之作，
他臨床經驗豐富，注意舌的觀察，親自給圖，經長期積累，繪出135種舌圖，運用分經、運氣答理論，
把舌和證聯繫起來，觀舌成為診斷重要依據之一。
2、問診：
中國醫家歷來重視問診。李梃的《醫學入門》指出，問診必須詳盡，他列出48問，婦人需再加4問，產後又加4問。
徐春甫強調四診合參，反對完全依脈辨證。張三錫在《醫學六要》中將李梃的48問，簡化為26問，
張介賓又簡化為10問，編成《十問歌》，易記易行，為後世遵行。
3、脈診：
明代脈學專著甚多，一些類書、全書、方書、本草、臨床專科著作，也常兼及脈學。現存脈學著作有：
吳昆的《脈語》、李中梓的《診家正眼》等近30種。影響最大的是李時珍的《瀕湖脈學》。
《瀕湖脈學》摘取諸家精華，分詳27種脈。對同類異脈鑒別，各種脈象主病，既能博考，又能精研，編成歌訣，
便於誦習。李梃的《醫學入門》亦列27種脈，與《瀕湖脈學》相較，少一牢脈，多一大脈，余皆同。
徐春甫在《醫學入門捷徑六書》中指出，脈為「元氣之苗，死生吉凶之先見」，是判斷表裡虛實的依據，
吳昆《脈語》列怪脈12種，較前人多4種。
張介賓的《景岳全書》，專列「脈神章」3卷，對脈神、正脈16部、脈之常變等有詳盡論述。李中梓的《診家正眼》，
較《瀕湖脈學》增一疾脈，列脈象28種，在《醫宗必讀》中，他列浮沉遲數四脈為綱，以統余脈，長、短、
弦脈則列於四綱之外。李中梓認為領會脈象，不能只憑語言，須通過臨床揣摩。
4、八綱辨證：
八綱辨證，是指導中醫臨床思維的基本原則，它的內容可追溯到《內經》和《傷寒論》。
明初樓英在《醫學綱目》中；明確提出八綱，「診病者必先分彆氣血、表裡、上下、臟腑之分野，以知受病之所在；
次察所病虛實、寒熱之邪以治之，務在陰陽不偏頗，臟腑不勝負，補瀉隨宜，適其所病」，1477年，
王執中在《東垣先生傷寒正脈》中指出：「治病打字，虛實、陰陽、表裡、寒熱八字不分，殺人反掌」。
方隅1584年出版的《醫林繩墨.傷寒》中說：「雖後世千萬論，終難違越矩度，然究其大要，
無出乎表、里、虛、實、陰、陽、寒、熱八者而已。」1624年。張介賓在《景岳全書.陰陽篇》中，
認為陰陽是醫道之綱領，診病施治，必先審陰陽。在《景岳全書.六變辨》
中又指出：「六變者，表裡、寒熱、虛實是也，是即醫中之關鍵。明此六變，萬病皆指諸掌矣」。
除缺少八綱辨證的術語外，表述得已十分明確。
(二)病案格式的建立
病案格式規範化是診斷治療規範化的重要環節，它促進著醫學的進步。
明代出現了整理古代病案的專著，提出建立病案格式的具體要求。
1、韓懋的「六法兼施」
韓懋的《醫通》，提出書寫病歷，要六法兼施。六法指望、聞、問、切，論、治。
六法作為填寫醫案的具體要求是：一望形色，如肥瘦、高低、膚色、潤槁，主要看發育狀況、形色神態、有無精神等。
二聞聲音，如音質清濁，發音洪細，說話有無氣力等。三問情狀，是問診要求。韓氏提出「八何」，包括時間、地點、
病因及治療史。四是切脈理，按三部九候。五是論病原，提出六問，六是治方術，是研究治療措施及效果的。
韓氏認為，凡治一病，宜用此式一紙為案，填清年月日及地點，表明風土時令，再望之、聞之、詳問之，以察其外；
然後切脈、論斷、處方，確立診斷和治法。各各填注，使病者持紙待續，更換醫生，也有所據，還可使醫生深入思考，做到百發百中。
2、吳昆關於病案格式的概括
吳昆的《脈語》對病案格式進一步概括，他稱病案為「脈案」，「脈案」一名，流行至今，醫家仍用之。
書寫內容分條：
一是時間籍貫姓名，時間占運氣，地點占脈之方宜。
二是望診和聞診，包括年齡、體態、神色、語聲等，用以合脈。
三是病人的苦樂、病由和發病時間，觀其精神狀態和疾病久暫。
四是始發病、治療措施及療效，以為參考。
五是晝夜孰甚，寒熱孰多，喜惡何物，是疾病現狀，以辨氣血，察陰陽臟腑，
六是寫出病名定診斷，以及診斷的理論根據，區分標本緩急，確定某藏當補，某藏當瀉。
七是處方加減及用藥目的，寫清處方原則，藥物配伍方法，令病人了解治病措施，以積極配合治療。
吳氏指出，病案後應有醫者簽名，以示負責，使病家驗醫者之工拙。
韓氏的「六法兼施」和吳氏的補充，對病案格式規範化起著奠基作用，對醫學發展和後世醫家也有重大影響：
三、醫德理論與實踐的發展
明代論述醫德的專篇及散在內容，較前代均有增加，涉及到醫學倫理學的諸多方面。
許多醫家履行醫德的感人事迹，也為後世留下了楷模。
明代是中國醫學倫理學發展的重要時期，出現了許多論述醫德的優秀文獻。李《醫學入門》中的「習醫規格」，
對醫生的學習和品德提出明確要求，認為醫德要求概括為一點，就是不欺。徐春甫的《古今醫統》，專列「庸醫」、
「時醫」、「名醫」、「論醫」等篇，鞭撻違反醫德的現象。龔信、龔廷賢父子都很重視醫德研究，
就醫患關係和醫生行為規範進行了全面論述。
陳實功行醫從不求謝，深得病家信任，在《外科正宗》里，提出「五戒十要」。
美國1978年出版的《生命倫理百科全書》將其列為古典醫德文獻。
孫志宏的《簡明醫毅》中「業醫須知」一篇，要求醫者勿重財利，勿危言珍秘而索重價；
對易治病勿故言難療；對難治病勿故言易愈；不可只盡心富家，而忽慢貧家。
明代醫德文獻，以醫忌關係為軸心，兼及醫際關係。它既考慮對醫者的要求，
又有對患者的提醒，較之西方古代醫德文獻，更為全面。在資本主義萌芽出現的明代，這些文獻的共同特點是反對金錢腐蝕，
反對把醫術作為單純謀利的手段，對借醫術敲詐財物的行徑深惡痛絕，強調保持醫學救死扶傷的祟高目的，
保持醫學為健康服務的功能。在醫德運行機制上，他們尚停留在醫德現象領域，借因果報應之說，勸人們作陰功之舉，
以推動人們對醫德的侍奉。這和他們在醫術範圍內反對巫術和迷信，形成鮮明對照。