分子是一種構成物質的粒子，呈電中性、由一個或多個原子組成，原子之間因共價鍵而鍵結。
能夠單獨存在、保持物質的化學性質；由分子組成的物質叫分子化合物。
一個分子是由多個原子在共價鍵中通過共用電子連接一起而形成。
它可以由相同的化學元素構成，如氧氣分子 O2；也可以由不同的元素構成，如水分子
H2O。
若原子之間由非共價鍵的化學鍵（如離子鍵）所結合，一般不會視為是單一分子。
在不同的領域中，分子的定義也會有一點差異：
在熱力學中，構成物質的分子（如水分子）、原子（如碳原子）、離子（如氯離子）等在熱力學上的表現性質都是一樣的，
因此，都統稱為分子；在氣體動力論中，分子是指任何構成氣體的粒子，
此定義下，單原子的惰性氣體也可視為是分子。
而在量子物理、有機化學及生物化學中，多原子的離子（如硫酸根）也可以視為是一個分子。
分子可根據其構成原子的數量（原子數）分為單原子分子，雙原子分子等。
在氣體中，氫分子（H2）、氮分子（N2）、氧分子（O2）、氟分子（F2）和氯分子（Cl2）的原子數是2；
固體元素中，黃磷（P4）原子數是4，硫（S8）的是8。
所以，氬（Ar）是單原子的分子，氧氣（O2）是雙原子的，臭氧（O3）則是三原子的。
許多常見的有機物質都是由分子所組成的，海洋和大氣中大部份也是分子。
但地球上主要的固體物質，包括地函、地殼及地核中雖也是由化學鍵鍵結，但不是由分子所構成。
在離子晶體（像鹽）及共價晶體有反覆出現的晶體結構，但也無法找到分子。
固態金屬是用金屬鍵鍵結，也有其晶體結構，但也不是由分子組成。
玻璃中的原子之間依化學鍵鍵結，但是既沒有分子的存在，其中也沒有類似晶體反覆出現的晶體結構。
歷史
分子的概念最早是由義大利的阿莫迪歐·阿伏伽德羅提出，他於1811年發表了分子學說
，
認為：「原子是參加化學反應的最小質點，分子則是在游離狀態下單質或化合物能夠獨立存在的最小質點。
分子是由原子組成的，單質分子由相同元素的原子組成，化合物分子由不同元素的原子組成。
在化學變化中，不同物質的分子中各種原子進行重新結合。」
在阿伏伽德羅之前，化學家約翰·道爾頓在1803年及1811年提出的定比定律及倍比定律，也支持分子學說，
因此許多化學家接受分子學說。
可是許多邏輯實證主義者及像恩斯特·馬赫、路德維希·波茲曼、詹姆斯·馬克士威、約西亞·吉布斯等物理學家不接受分子學說，
認為分子只是一種方便處理的數學結構，不是實際存在的物質。
一直到讓·佩蘭在布朗運動相關的研究中，才證實了分子學說。
特性
大部分的分子無法藉由電子顯微鏡看見，最小的分子是H2，其鍵長為0.74
Å。
有機合成中常用到的分子大小約從數Å至數十Å。曾經製造過直徑1000
Å（100
nm）中孔氧化矽，是最大的分子
一般分子雖無法由電子顯微鏡看見，但利用在特定環境下可以用原子力顯微鏡觀察，
甚至可以觀察到一些小分子及一些原子的外觀，而像DNA是高分子化合物，就可以用電子顯微鏡看見。
大型的分子包括有高分子或超分子等。
半徑
等效分子半徑是指分子在溶液中所佔的大小。
分子式
分子的一個特徵就是組成化合物的元素比例總是整數。
例如，純水中氫和氧的比例總是2:1，乙醇中碳、氫、和氧總是以2:6:1的比例組合。
利用各種元素的比例和化學符號就可以組成分子的實驗式。
但是單憑實驗式是無法決定分子的類別——如乙烯的實驗式就與丙烯一樣（同是CH2），儘管這兩個分子的原子數或質量都不同。
要反映分子中各種原子的真實數量，就要利用化學式。例如乙烯和丙烯的化學式分別為C2H4和C3H6。
分子量可以用化學式計算而得，是分子質量與
若是網狀固體，則會用化學計量方式計算．稱為式量。
分子幾何
由量子力學定律的演算，分子有固定的平衡幾何狀態——鍵的長度和之間的角度。
純物質都是由相同幾何結構的分子組合而成的。分子的化學式和結構是決定它的特質，尤其是它的化學活性的兩要素。
同分異構體是指二個化合物組成分子的種類及個數相同，但其結構不同。
同分異構體有相同化學式，但因結構的不同，有不同的特質，
例如乙醇和甲醚有不同的結構，但其化學式都是C2H6O，屬於結構異構。
立體異構體是一種特別的異構體，它們可以有很相似的物理及化學性質，而由於原子在空間中的排列不同，
具有相當不同的生物化學性質，例如維生素C有兩種立體異構體，但人體只能吸收其中一種的維生素C。
分子的電氣及光學特性
分子在電場中的特性和分子的電子分佈特性有關，包括其偶極矩及極化性。
分子的電偶極矩是指分子中正電荷和負電荷分佈的不對稱。
分子若有對稱中心，例如H2，則偶極矩為零，反之亦然。
分子的極化性是指分子因外在電場作用而改變其電子雲形狀的程度，結果會使得分子會因電場而產生電偶極矩。
分子的光學特性和其在光產生的交流電場下的行為有關，也可以用分子的極化性來得知。
極化性和光的折射、散射、光學活性及其他分子光學研究的特性有關。
分子的磁特性
大部份化合物的分子及巨分子都是抗磁性。
分子的磁化率\chi_m\,\!
是表示外磁場中被磁化的程度，抗磁性性物的磁化率略小於零。
有永久磁矩的分子具有順磁性，包括外層電子數是奇數個的分子（例如NO及自由基）
以及分子中有部份原子的內層電子未填滿（如過渡金屬）。
順磁性物質的磁化率會隨溫度而變化，因為電子的熱運動會降低磁場中的磁矩。
分子間作用力
分子間作用力是指電中性的分子在空間中的作用力，會隨著分子的極性而不同，其作用力相關複雜，
一直到了量子力學出現後才對分子間作用力有進一步的了解。
兩個極性分子（總偶極矩不為零的分子）之間會有分子間作用力，可能會使分子相吸或是排斥，
若分子的偶極矩沒有互相抵消，其作用力會變強。
若是一個極性分子和一個非極性分子，會有產生誘導性的分子間作用力。
極性分子會極化非極性分子，若極性分子的負電荷較靠近非極性分子，
會誘導非極性分子，使其正電荷較靠近極性分子。
分散力是指兩個非極性分子之間的分子間作用力。一般來說，非極性分子的總偶極矩為零，
不過在特定時間，因為電子在分子中的分佈情形，會產生瞬時偶極。
瞬時偶極可能會極化其他的非極性分子，或是兩個有瞬時偶極的分子會互相影響。
相關理論
分子物理學及理論化學的研究主要是基於量子力學，對於化學鍵的了解相當重要。
最簡單的分子是氫分子離子H2+，而化學鍵中最簡單的是單電子鍵。
H2+由二個帶正電的質子及一個帶負電的電子組成，
因為沒有電子和電子之間的斥力，薛丁格方程會相關簡單，易於求解。
隨著快速數位電腦的發展，也可以計算一些更複雜分子的近似解，這也是計算化學的一個主要領域。
科學家們試著嚴格的定義哪些原子的組合穩定到可以視為是分子的程度，
而UPAC的建議是「需對應勢能面的一個低坑，而且要深到可以限制至少一個振動態。」。
此定義和原子之間交互關係的本質無關，和交互關係的強度有關。事實上，這也包括一些弱鍵結，
以往不會視為是分子的一些原子團，例如氦二聚體He2，有一個振動束縛態，其鍵結非常鬆散，
可能只能在非常低溫時才可以觀測到。
原子的組合是否夠穩定到可視為分子，在本質上是操作性的定義。
在哲學上，分子不是一個基本實體（相反的，基本粒子就是基本實體），
分子的概念可以視為是化學家在陳述世界上原子之間作用力強度的一種敘述方式。